Patriarh Bartolomeus (ilmikunimega Dimitrios Archontonis) sündis 29. veebruaril 1940 Türgis Imbrose (Gökceada) saarel Türgi kodanikuna. Tema vanemad olid õigeusklikest kristlastest kreeklased. Kodusaarel lõpetas ta põhikooli, keskhariduse omandas Istanbulis kreeka Zografioni lütseumis ja jätkas õpinguid Printsisaartel Halki teoloogia kõrgkoolis, mille lõpetas cum laude 1961. aastal. Samal aastal pühitseti ta kodusaarel diakoniks ja talle omistati vaimulikunimi Bartolomeus.
1961–1963 läbis ta kohustusliku ajateenistuse Türgi sõjaväes reservleitnandina.