Tee rajamine mõjutab Luitemaa linnuala, mille üks eesmärke on metsise elupaiku kaitsta. Keskkonnamõju strateegilise hindamise käigus tehtud Natura hindamisel selgus, et ükski reaalne teevariant ei võimalda täielikult välistada ebasoodsat mõju metsise asurkonnale.
Luitemaa linnualale tekkiva kahju kompenseerimiseks on ette nähtud ulatuslikud hüvitusmeetmed.
"Hüvitusmeetmed hõlmavad metsise elupaikade taastamist, uute püsielupaikade loomist ning olemasolevates elutingimuste parandamist," selgitas kliimaminister Yoko Alender, et hüvitusmeetmeid rakendatakse enne ehitustöö algust.
Meetmete hulka kuuluvad näiteks metsise elupaikade taastamise kulud, püsielupaikade kaitse alla võtmine ja seire. Kulud peab katma projekti arendaja Rail Baltic Estonia OÜ. Teekoridori rajamiseks Luitemaal puuduvad alternatiivid, mis ei mõjutaks Natura ala.
Rail Baltic on Eestile strateegiliselt oluline taristuprojekt, mis ühendab Balti riigid Kesk-Euroopaga. Raudtee on oluline ka julgeoleku vaatest. Valitsuse otsuse järel saab majandus- ja kommunikatsiooniministeerium kehtestada Rail Balticu Pärnu maakonnaplaneeringu riigikohtu otsusega tühistatud teelõikudes ning kliimaministeerium teavitab Euroopa Komisjoni Natura erandi rakendamise põhjustest ja kavandatud hüvitusmeetmetest.