Mullu juunis tühistas riigikohus Rail Balticu Pärnu maakonnaplaneeringu ligemale 45 kilomeetri pikkusel lõigul Pärnu linna ja Ikla vahelisel maa-alal keskkonnamõjude ebapiisava hindamise tõttu. Viga puudutas viie kilomeetri pikkust lõiku, kuid planeering tühistati selle lõiguga külgnevatel lõikudelgi, et vajadusel võimaldada uut trassivalikut, teatas toona rahandusministeerium.
Riigihaldusminister Jaak Aabi sõnutsi leidis kohus, et viga oli Luitemaa linnualal Natura eelhindamisega piirdumises, sest see võis mõjutada Rail Balticu raudtee trassivalikut.
Seetõttu alustati nende lõikude ulatuses alternatiivsete trassikoridoride asukohavalikust. Nüüdseks on tühistatud trassilõigu osas valminud täiendavate trassialternatiivide võrdlustulemuste aruande eelnõu, mis peaks andma selgituse trassikoridoride võrdlemise alustest, koondülevaate võrdlustulemustest võrdlusgruppide lõikes ning võrdlustulemuste alusel kujunenud soovituse eelistatud trassikoridori kulgemise kohta.
Keskkonnaministeerium leidis aga trassialternatiivide aruandes taas kord Natura hindamises mitu puudujääki. Näiteks ei vasta Reiu–Häädemeeste lõigu asukohavariantide Natura hindamise ekspertarvamus ministeeriumi hinnangul nende kooskõlastatud Natura hindamise metoodikale ega juhendmaterjalidele.
Ministeerium toob välja, et kuigi ekspertarvamuse sissejuhatuses on märgitud, et mitme trassialternatiivi kombinatsiooni korral tuleb kõigepealt kaaluda alternatiivide mõju Natura-alade kaitse-eesmärkide ja ala terviklikkuse säilimisele ning leida alternatiivid, mille puhul ebasoodne mõju Natura väärtustele on välistatud, ei ole dokumendis tehtud asjakohast hindamist, et selgitada välja, kas on olemas alternatiivid, mille puhul ebasoodne mõju Natura-alade kaitse-eesmärkidele ja terviklikkusele on välistatud, sealhulgas leevendusmeetmete rakendamisel.
Samuti ei ole ministeeriumi väitel tehtud eelhindamist, et välja selgitada, millistele Natura 2000 aladele tuleb üldse teha asjakohane hindamine.